Der Gesetzgeber hat dem Rechnungsprüfungsamt zahlreiche Aufgaben zugewiesen, die nachfolgend kurz dargestellt werden:

1. Die örtliche Prüfung der kameralen Jahresrechnungen (bis Haushaltsjahr 2008) und die Prüfung der doppischen Jahresabschlüsse (ab Haushaltsjahr 2009) stellen sicherlich die wichtigste örtliche Prüfung dar (Art. 103 Abs. 1 und Abs. 3 GO). Hierbei geht es nicht nur um die Beurteilung, ob die einschlägigen Vorschriften der Haushaltswirtschaft eingehalten worden sind, sondern auch um die Beurteilung der Leistungsfähigkeit der Stadt. Zudem ist die Prüfung Grundlage für die Feststellung der Jahresrechnung oder des Jahresabschlusses im Stadtrat und auch für die Entlastung des Oberbürgermeisters durch den Stadtrat.
   
   Bei den kameralen Jahresrechnungen erstrecken sich die Prüfungshandlungen auf die Haushaltsrechnung und den kassenmäßigen Abschluss. Die doppischen Jahresabschlüsse gliedern sich in die Finanzrechnung, die Ergebnisrechnung und die Vermögensrechnung (Bilanz). 
   
   
   
2. Die klassischen nachgehenden Prüfungen nach Art. 106 Abs. 1 GO in den einzelnen Dienststellen dienen der Feststellung, ob
   
   a) die Haushaltssatzung und der Haushaltsplan eingehalten worden sind,
   b) die Einzahlungen und Auszahlungen sowie Erträge und Aufwendungen beziehungsweise die Einnahmen und Ausgaben begründet und  belegt  sind sowie der  Jahresabschluss und der konsolidierte Jahresabschluss beziehungsweise die Jahresrechnung sowie die Vermögensnachweise ordnungsgemäß aufgestellt sind,
   c) wirtschaftlich und sparsam verfahren wird,
   d) die Aufgaben mit geringerem Personal- oder Sachaufwand oder auf andere Weise wirksamer erfüllt werden können.
   
   In diesem Rahmen werden in mehrjährigem Turnus sämtliche Bereiche der Stadtverwaltung einer eingehenden Prüfung unterzogen. Hierfür bestehen Prüfpläne, die von der Amtsleitung im Benehmen mit den Fachprüfern fortlaufend ergänzt und aktualisiert werden. Die Prüfungsberichte werden im Rechnungsprüfungsausschuss behandelt.
   
   
   
3. Die nachgehenden Prüfungen umfassen auch Prüfungshandlungen im Zusammenhang mit städtischen Baumaßnahmen. Auch hier ist es wieder Aufgabe der Rechnungsprüfung festzustellen, ob mit den Haushaltsmitteln wirtschaftlich und sparsam umgegangen und ob die einschlägigen Bestimmungen eingehalten wurden.
   
   
   
4. Durch Kassenprüfungen (Art. 106 Abs. 5 GO) werden die ordnungsgemäße Erledigung der Kassengeschäfte und das Zusammenwirken mit der Verwaltung geprüft. Neben der Prüfung der eigentlichen Stadtkasse existiert eine große Anzahl an Zahlstellen und Hand-/Wechselgeldvorschüsse. Hinzu kommt eine Reihe von überwachungspflichtigen Vordrucken. Hierbei handelt es sich grundsätzlich um eine unvermutete Prüfung.
   
   
   
5. Die Prüfung der Wirtschaftsführung der Eigenbetriebe ist gemäß Art. 106 Abs. 3 GO ebenfalls eine gesetzliche Pflichtaufgabe des Rechnungsprüfungsamtes. Hinsichtlich des Umfangs kann auf Art. 106 Abs. 1 verwiesen werden (vgl. Ziffer 2). Die Prüfungsberichte werden im Rechnungsprüfungsausschuss behandelt.
   
   
   
6. Eine weitere wichtige Aufgabe stellt die Betätigungsprüfung gemäß Art. 106 Abs. 4 GO dar. Hierbei geht es nicht um die Betätigung der Unternehmen selbst, sondern vielmehr um die Betätigung der Gemeinde bei privatrechtlichen Unternehmen, an denen sie unmittelbar oder mittelbar beteiligt ist. Dies betrifft etwa die Erlanger Stadtwerke AG oder die GEWOBAU.
   
   
   
7. Neben den gesetzlichen Aufgaben obliegen dem Rechnungsprüfungsamt regelmäßige Auftragsprüfungen, insbesondere Prüfungsaufträge des Stadtrates und des Oberbürgermeisters. Hierunter fallen z. B. die Prüfungen des Vereins Dreycedern, des Vereins für Naherholung und Landschaftspflege und des Zweckverbandes Abfallwirtschaft.
   
   
   
8. Hinzu kommen weitere Aufgaben gemäß städtischer Dienstanweisungen und aufgrund des Selbstverständnisses einer kommunalen Rechnungsprüfung. Zu nennen sind beispielsweise beratende Funktionen, die Mitwirkung bei der Verhütung von Manipulationen, die Prüfung der Vergabeunterlagen vor der Auftragsvergabe von Lieferungen und Leistungen und nicht zuletzt Maßnahmen im Rahmen der  Korruptionsprävention.